2068年、地球防衛機構スペクトラムの火星探検隊が火星の異星人ミステロンの基地を発見し、監視カメラを攻撃兵器と誤認して基地を破壊。ミステロンは破壊された物質を復元し、不滅にする力=ミステロナイズを持っており、火星基地を瞬時に復元した後、地球人を好戦的とみなして絶滅を宣言。火星探検隊の隊長ブラック大尉をミステロナイズして地球に送り込む。地球連邦大統領の護衛に付いたキャプテン・スカーレットもミステロナイズでスパイにされたが、スペクトラムとの戦闘でロンドン展望塔から転落し、そのショックで人間の理性を取り戻す。不死身の力とミステロンを察知する力を得たスカーレットは、スペクトラムの切り札としてミステロンに戦いを挑む。
ミステロン悪いかな?さらにはミステロンは人類の前に姿を現さない。それならエンジェル号 追跡戦闘車は何を攻撃するのかな?